物理学家汤川学(福山雅治饰)从美国回到日本，女警内海薰(柴崎幸饰)向他寻求帮助。镇上一个很受欢迎的女孩突然失踪，几年后她的尸体被发现，汤川的同学、高级警探草薙顺平(北村一辉饰)逮捕了一名男性嫌疑人，但该名嫌疑人因警方缺乏证据而被释放。当这个男人回小镇里时，他又出现在了女孩家人面前，向他们挑衅。仇恨的

かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。